Friedel Rausch, der in der Saison 1979/1980 mit Eintracht Frankfurt den UEFA-Pokal gewann, wurde der erste deutsche Trainer in der Geschichte von Fenerbahçe. Unter der Leitung von Rausch beendete Fenerbahçe die Saison 1980/1981 in der Hinrunde auf dem 4. Platz. Am Ende der Saison stand das bis dahin schlechteste Ergebnis in der Süper Lig, mit 29 Punkten und dem 10. Platz. Die Mannschaft konnte nur dank des Torverhältnisses im Oberhaus des türkischen Fußballs bleiben. Rauschs erste Saison bei Fenerbahçe ging als umkämpfteste Saison der Süper Lig in die Geschichte ein, weil den Absteiger und den Vizemeister lediglich 5 Punkte voneinander trennten. Präsident Ali Şen entließ Rausch noch vor Ende der Saison 1981/1982. Unter seiner Leitung fuhr Fenerbahçe in 68 Pflichtbegegnungen 25 Siege, 21 Unentschieden und 22 Niederlagen ein, erzielte dabei 80 Tore und kassierte selbst 55 Gegentreffer. Fenerbahçe gewann mit dem Trainer Rausch die Trophäen vom Vatan-, vom Verein der türkischen Sportautoren-, den Marine- und die Westfalenpokale. Der Trainer hatte damals den schon auf die Verkaufsliste gesetzten Spieler Selçuk Yula wiederentdeckt und integrierte ihn in das Team.
Osieck verpasste die Meisterschaft mit nur einem Punkt
Fenerbahçe hatte Holger Osieck bevorzugt, weil er Co-Trainer von Franz Beckenbauer war, der wiederum 1990 mit der deutschen Nationalmannschaft Weltmeister wurde. Fenerbahçe löste in der ersten Saison unter Osieck die Verträge von 17 Spielern auf, holte dafür 30 neue Spieler, von denen 20 eine Spielerlizenz erhielten. Er strich Rıdvan Dilmen und Tanju Çolak aus dem Kader und verpasste mit seiner neuen Mannschaftsstruktur die Meisterschaft der Süper Lig in der Saison 1993/1994 um nur einen Punkt. Osieck, der während seiner 1,5-jährigen Amtszeit bei Fenerbahçe mit zwei Präsidenten zusammengearbeitet hatte, wurde von Ali Şen, der am 18. Dezember 1994 erneut zum Vereinspräsidenten gewählt wurde, entlassen. Während seiner Trainerzeit fuhr Fenerbahçe 35 Siege, 10 Unentschieden und 11 Niederlagen in 56 Pflichtspielen ein, erzielte dabei 128 Tore und kassierte im Gegenzug 62 Treffer. Die Mannschaft von Fenerbahçe, die in der Osieck-Ära den Pokal des Ministerpräsidenten und den Pokal des Vereins der türkischen Sportautoren gewann, erreichte ebenfalls unter der Leitung dieses deutschen Trainers die höchsten bzw. deutlichsten Siege überhaupt. Eines der unvergesslichen Ereignisse der Osieck-Ära war die Verletzung von Frank Pingel, der mit großen Hoffnungen von Bursaspor nach Fenerbahçe gewechselt war.
Löw wurde entlassen, obwohl sein Vertrag noch ein Jahr gültig war
Joachim Löw, der in der Saison 1997/1998 mit dem VfB Stuttgart im Finale des UEFA-Pokals der Pokalsieger stand, wurde während der Amtszeit von Präsident Aziz Yıldırım erster Trainer von Fener. Erster Wendepunkt Fenerbahçes unter Löws Führung war die Derby-Begegnung gegen Galatasaray, die am 20. September 1998 ausgetragen wurde und 2:2 endete. Nach diesem Spiel schied Fenerbahçe auch im UEFA-Pokal gegen Parma aus und verlor in der Süper Lig der Reihe nach gegen Trabzonspor, Beşiktaş und Antalyaspor. Kemalettin Şentürk, Saffet Akbaş, Erkan Sözeri und Selahattin Özbir wurden daraufhin von Löw wegen Undiszipliniertheit aus dem Kader gestrichen, und Fenerbahçe gewann anschließend in Serie, woraufhin sie die Hinrunde der Süper Lig als Tabellenführer beendeten. Der zweite Wendepunkt für Fenerbahçe, bis dahin mit einer Siegesserie von neun Spielen mit 31 Toren bei nur 2 Gegentoren gesegnet, war das Spiel gegen Samsunspor am 19. Februar 1999. Metin Diyadin, der bei der Begegnung, die 1:1 zu Ende ging, einen Beinbruch erlitt, beendete daraufhin die Saison, und Murat Yakin, der eine Rote Karte erhielt, wurde für zwei Spiele gesperrt, woraufhin Fenerbahçe die Tabellenführung in der Süper Lig nach nur einer Woche wieder verlor. In den folgenden Wochen erlitten auch Rüştü Reçber, Uche, Högh und Erol Bulut schwere Verletzungen. Fenerbahçe beendete letztlich die Saison auf dem dritten Platz, woraufhin Präsident Aziz Yildirim Löw trotz seines noch ein Jahr gültigen Vertrags vorzeitig entließ. Während seiner Trainerzeit fuhr Fenerbahçe 24 Siege, 6 Unentschieden und 8 Niederlagen in 38 Pflichtspielen ein, erzielte dabei 88 Tore und kassierte im Gegenzug 34 Gegentore. Fenerbahçe hatte in der Löw-Ära nur den Atatürk-Pokal gewinnen können. Die Abschiedsspiele von Selçuk Yula, der in der Ära Rausch wieder aufblühte, und Tanju Çolak, der in der Osieck-Ära nicht im Kader stand, wurden in der Löw-Ära ausgetragen.
Lorant hatte Probleme mit Ortega
Fenerbahçe fuhr mit Werner Lorant, der in der Winterpause der Saison 2001/2002 geholt wurde, 23 Siege, 8 Unentschieden und 8 Niederlagen in 39 Pflichtspielen ein, erzielte dabei 78 Tore und kassierte im Gegenzug 43 Gegentreffer. Das außergewöhnlichste Ereignis der Lorant-Ära war das Derby, bei dem Fenerbahçe am 6. November 2002 Galatasaray mit 6:0 besiegte. Er gab Ariel Ortega nicht genug Spielzeit und hatte dadurch Probleme mit dem argentinischen Starspieler. Lorant, der anstelle von Mustafa Denizli das Traineramt antrat, wurde nach einer Niederlage in Diyarbakir genauso wie Mustafa Denizli entlassen.
Mit Daum gewann man die Meisterschaft im 100-jährigen Jubiläum Galatasarays
Christoph Daum, der insgesamt vier Spielzeiten in zwei verschiedenen Perioden bei Fenerbahçe coachte, ging als erfolgreichster Deutscher bei Fenerbahçe in die Geschichte ein, indem er 2 Meisterschaften in der Süper Lig feierte und einmal den TFF Super Cup gewann. In der ersten Saison unter Daum wurde Fenerbahçe nach einem Rückstand von 11 Punkten noch Meister und trägt seitdem den dritten Stern auf der Brust. Die zweite Meisterschaft, die Fenerbahçe unter Daum gewann, war im 100-jährigen Jubiläum des Bestehens von Galatasaray. Daums erste Amtszeit bei Fenerbahçe endete nach der Niederlage und der verpassten Meisterschaft am letzten Spieltag der Saison 2005/2006. Seine zweite bzw. letzte Amtszeit endete nach der Niederlage und der dadurch verpassten Meisterschaft am letzten Spieltag der Saison 2009/2010. Fenerbahçe fuhr unter Daum 124 Siege, 26 Unentschieden und 37 Niederlagen in 187 Pflichtspielen ein, erzielte dabei 410 Tore und kassierte im Gegenzug 204 Gegentore.